Der Bruchsaler Raum war früher relativ arm an stehenden Gewässern und besaß keinen See. Das hat sich durch die Anlage zahlreicher Baggerseen in der Oberrheinebene deutlich gewandelt. Andererseits verschmutzten aber die natürlichen Gewässer, wurden gefasst oder vollständig umgebaut. Die Baggerseen konnten daher die Verluste nicht ausgleichen. Die Wasserflora des Gebiets ist heute meist außerordentlich beeinträchtigt (s.u.). Die Eutrophierung und Belastung der Fließgewässer hat sich durch den Bau zahlreicher Kläranlagen zwar etwas verbessert. Die Gesamt-Wasserführung der Bäche ist aber immer noch zu gering, um die Schadstoffe verkraften zu können.
Die relativ artenreichste Wasserflora und -fauna fand sich früher in den zahlreichen, aus dem Kraichgau kommenden Bächen. Dazu gab es am Grabenrand der Oberrheinebene zahlreiche Quellen und daraus entspringende Klein- und Kleinstbäche. In der sogenannten "Kinzig-Murg-Rinne" waren die Gewässer stark verlandet, und an vielen Stellen bildeten sich quartäre Niedermoore.
Gelegentlich finden sich auch an Baggerseerändern noch Wasserpflanzen (besonders am artenreichen Büchenauer Baggersee), die aber durch die überhandnehmenden Badegäste und durch die Angler stark dezimiert werden. Die typischen Grabenrandpflanzen können sich an manchen Stellen noch halten: z.B. am Rohrbach und am Weiherbach (aber wie lange noch?). Die Grabenränder überwuchern fast immer mit stickstoffliebenden Brennesselgesellschaften.
Das Bild der scheinbar wenigen ausgestorbenen Arten täuscht, da die Wasserflora derzeit noch unvollständig bearbeitet ist und wir auch nur wenige alte Funde kennen! Die Wasserarten selber wurde von Oberdorfer (1934) nicht gesondert kartiert.
Im engeren Bruchsaler Gebiet gab es keine Moorseen. Der einzige echte Moorsee in der Region befindet sich wenige km außerhalb des Untersuchungsgebiets im NSG Weingartener Moor, im größten Flachmoor der Kinzig-Murg-Rinne. Er war Gegenstand zahlreicher ökologischer Untersuchungen seit der Jahrhundertwende. Leider ist der See durch Verlandung bedroht und muss künstlich offengehalten werden.
Sämtliche offene Seen der Region (außer dem Weingartener Moor, s.o.) sind als Baggerseen künstlichen Ursprungs. Die kleineren Baggerseen stammen oft noch aus der Zeit zwischen den Weltkriegen, während seither immer größere Seen angelegt wurden. Die Ufer fast aller Seen fallen steil ab; erst in den letzten Jahren wird die Wiederherstellung einer Flachwasserzone zur Auflage gemacht. Durch das geringe Alter der Baggerseen und die starken Störungen (Angler, Freizeitbetrieb, Eutrophierung etc.) konnte sich meistens keine intakte Ökologie einstellen. Dafür bedarf es langer Ruhezeiten. Der Büchenauer Baggersee (s.u.) beweist aber die hohe Regenerationskraft eines Gewässers, falls die Störungsfaktoren sich in Grenzen halten.
In den Baggerseen finden sich meist wenig oder gar keine Wasserpflanzen. Dies ist bedingt durch geringes Alter der Gewässer, Eutrophierung und Verschlammung, besonders auch durch den Badebetrieb. Vielfach sind Algen die einzigen Wasserpflanzen. Eine rühmliche Ausnahme macht der Büchenauer Baggersee. Er besitzt eine besonders reichhaltige Wasser- und Uferflora, sowohl Gefäßpflanzen, Moose als auch Algen (Characeae). Einige Wasserpflanzen sind im Gebiet nur hier bekannt (Teichfaden - Zannichellia palustris, einige Potamogeton-Arten etc.). Viele dieser Arten sind aber nach Aufgabe der Baggerung ab ca. 2000 erloschen. Der Siebenerlensee westlich von Neuthard gilt zwar als limnologisch stark belastet, enthält aber doch einige interessante Wasserpflanzen (Najas flexilis). Der Teich bei der Autobahnraststätte wird momentan von gepflanzten und ausgewilderten Wasserpflanzen geprägt; daneben findet sich aber das größte Vorkommen des Wasserschlauchs (Utricularia australis) in der Region.
Kraichgau und Rheinebene sind arm an natürlichen Teichen und Weihern, abgesehen von wenigen Quelltöpfen in den Wäldern. "Alte" Teiche entstanden früher vor allem bei der Anlage von Fischzuchten, so bei Bruchsal am Eisweiher oder südlich von Münzesheim bei den Fischteichen. Besonders bei Münzesheim ist eine artenreiche Flachwasser- und Schlammflora zu sehen, da ein Teil der Teiche durch Sedimenteintrag langsam verlandet. Charakterarten sind hier Wasserhahnenfüße (Ranunculus subgen. Batrachium) oder Myriophyllum verticillatum.
Ab den 80er Jahren führten die "Tümpleritis" der Amphibienfreunde und ökologische Ausgleichsmaßnahmen dann zu einer Vielzahl neu angelegter Teiche und Tümpel. Manchmal waren diese auch für einen ganz anderen Zweck vorgesehen, so z. B. bei der Schlittschuhbahn in den "Breitwiesen" östlich von Unteröwisheim. Die meisten Teiche führten leider nur wenige Jahre Wasser und trockneten Anfang der 90er Jahre durch reduzierte Niederschläge wieder aus; nur noch einige besitzen eine regelmäßige Wasserführung. Auch einige Teiche, die mit kleinen Quellen als Wasserlieferanten verbunden waren, erlitten das gleiche Schicksal, so z. B. am Glöcklesberg NO von Bruchsal, im FND Schelmenlache bei Forst oder auf der ehemaligen Bauschuttdeponie am südlichen Karlsdorfer Ortsrand. Die Quelle des Weiherbachs zwischen Bruchsal und Unteröwisheim wurde durch die Flurbereinigung als Ausgleichsmaßnahme mit drei Teichen versehen. Die heutige Schüttung reicht aber noch nur für die Füllung eines Teichs aus. Das Quellwasser ist hier durch die umliegende Landwirtschaft stark mit Nährstoffen belastet.
Die Teichflora ist im Gebiet nur rudimentär vorhanden, sie bildet einen Übergang zwischen den Flachwasserzonen in Baggerseen zur Graben- und Bachflora. Nur wenige Arten sind auf Teiche beschränkt, z. B. Myriophyllum verticillatum (Quirlblättriges Tausendblatt) oder Hippuris vulgaris (Tannenwedel). Für sich selbst spricht, dass der seltene Knotenblütige Scheiberich (Apium nodiflorum) und das Dichte Laichkraut (Groenlandia densa) ihre einzigen bekannten Vorkommen in einem gefassten und betonierten Quellteich bei Heidelsheim haben!
Die Artenliste wurde und wird durch das Anpflanzen von aus der Gärtnerei bezogenen Teicharten stark verfälscht. Viele heutige Vorkommen von Teicharten im Gebiet müssen als künstlich ("angesalbt") gelten, so z. B. von Lythrum hyssopifolia (Ysop-Weiderich), Hippuris vulgaris (Tannenwedel), Nymphoides peltata (Seekanne) oder ein Teil der Vorkommen von Hottonia palustris (Wasserfeder), um nur einige zu nennen. Manche von ihnen kamen bereits früher im Gebiet vor, die autochthonen Vorkommen sind aber verschwunden.
Besonders in den 80er Jahren wurden an allen möglichen (und unmöglichen) Stellen kleine Tümpel und Feuchtbiotope angelegt, um besonders den Amphibien Überlebensmöglichkeiten zu schaffen. Die meisten dieser Projekte sind gescheitert. Das lag an verschiedenen Ursachen: falschen Standorten (z. B. mitten in Verkehrsknoten); starker Verringerung des Oberflächenwassers in den 80er Jahren und dadurch Trockenfallen; Eutrophierung der Biotope, Umkippen und Algenwachstum oder falscher Einschätzung der Amphibienwanderungen.
Vor der unkritischen Neuanlage von Tümpeln sei daher nochmals gewarnt! Die Voraussetzungen müssen gründlich bedacht werden. Der Pflegeaufwand eines Feuchtbiotops ist hoch; eine Garantie für die Funktion kann nicht gegeben werden. Eine ständige Frischwasserzufuhr muss garantiert sein.
Die Schwimmblattvegetation (das sind Bereiche mit hoher Pflanzendeckung im stehenden oder langsam fließenden Wasser, geprägt durch Teichrosen), ist im Gebiet nur sehr kleinräumig vorhanden und im wesentlichen auf die Baggerseen beschränkt. Nur in einigen Bacharmen mit langsamer Strömung (z. B. Pfinzkanal bei Neuthard) sind Kolonien der Gelben Teichrose (Nuphar lutea) vorhanden. Das nächste Vorkommen bedeutender, autochthoner Schwimmblattvegetation (abgesehen vom Altrhein) befindet sich im Weingartener Moor.
Die Gräben der Rheinebene besitzen ein nur geringes Gefälle. Viele von ihnen sind erst in diesem Jahrhundert zur Verbesserung der Entwässerung künstlich angelegt worden, so z. B. Pfinzkanal und Saalbachkanal. Diese Kanäle wurden künstlich ausgebaut (vgl. "Wässerwiesen") und zeigen kaum natürliche Verhältnisse. Durch die starken Sedimentfrachten (Löss und Lehm) der aus dem Kraichgau kommenden Bäche neigen alle Bäche der Rheinebene zur Verschlammung. Früher wurden die ausgebaggerten Sedimente auf beiden Seiten des Grabens aufgeschüttet. Der Bachlauf erhöhte sich dadurch sukzessive. Im Extremfall (wie z. B. beim Alten Saalbach oder beim Kraichbach) laufen die Bäche um bis zu 1.5 m über dem Niveau der umliegenden Felder. Dieses Gefälle wurde zur Wässerung der Wiesen und Felder verwendet; eine Praxis, die sich z. B. südlich von Hambrücken ("Wiesenwässerverein") bis in die 60er Jahre hielt. Dadurch war nicht nur eine Bewässerung sichergestellt, sondern die Bachsedimente führten den mageren Feldern und Wiesen der Rheinebene willkommene Nährstoffe zu. Die Hauptbäche wurden von parallelführenden, niedrig liegenden Gräben gesäumt, die die Aufgabe hatten, das überschüssige Wasser abzuleiten (beim Alten Saalbach waren dies der Wagbach und der Rußgraben). Nach Aufgabe der Wiesenwässerung fielen diese Gräben weitgehend trocken - auch dies ein beachtlicher ökologischer Verlust. Der Wagbach wird heute künstlich mit Wasser aus dem Alten Saalbach gespeist.
Heute sind die Gräben und Teiche verdreckt und schadstoffbelastet, ihr Uferbewuchs ist einer stickstoffliebenden Einheitsflora gewichen. Außerdem werden die Grabenränder regelmäßig so kurz wie möglich gemäht, dadurch können sich viele Arten nicht mehr halten. Ungestörte Gräben und Bäche finden sich nicht mehr auf der Gemarkung. Nur an manchen Stellen ist das Wasser noch klar genug, um einigen Wasserpflanzen das überleben zu ermöglichen. Viele Bäche des gesamten Gebiets waren durch Abwässer extrem belastet oder biologisch vollständig tot. Unrühmlichstes Beispiel ist der Duttlacher Graben ("Stinkgraben") als Vorfluter der Bruchsaler Kläranlage. Er ähnelt immer noch mehr einer Kloake als einem Graben; die Faulschlamm-Sedimente sind metertief mit Schwermetallen und Schadstoffen verseucht. Auch Kraichbach, Saalbach und die Gräben der Büchenauer Hardt sind trotz aller Fortschritte beim Bau von Kläranlagen immer noch hoch belastet. Daher sind die meisten Bäche der Rheinebene ökologisch verarmt. Die Trockenheit der letzten Jahre ließ weitere kleine Gräben trockenfallen.
Ein relativ intakter, größerer Bach fand sich nur noch bei Neuthard: der Lauf der Alten Pfinz zwischen Neuthard und Graben. Er war Heimat der letzten größeren Bachmuschelkolonien der Gegend. Nachdem er zwischen 1990 und 1992 mehrfach trockenfiel, starben die meisten Muscheln ab - ein unersetzlicher Verlust. Flora und Fauna sind durch Baumgärtner (1992) ausführlich bearbeitet worden. Der lange Jahre trockene Wagbach wird jetzt unterhalb von Hambrücken wieder bewässert und soll sich wieder zu einem wertvollen Kleingewässer entwickeln. Ansonsten gibt es nur noch Fragmente und kurze Stücke wenig belasteter Gräben. Zu erwähnen sind vor allem die Gräben rund um den Bruchsaler Eisweiher sowie Eiergraben bzw. Schönbornwiesengraben in der Büchenauer Hardt als ihre untere Fortsetzung. Hier führt das hohe Aufkommen von sauberem Quellwasser zu einer verbesserten Wasserqualität und zahlreichen Wasserpflanzenvorkommen. Auch der Graben im Eichig südwestlich von Untergrombach ist noch relativ intakt.
Die größeren Bachläufe des Kraichgauer Hügellands (im Gebiet Kraichbach und Saalbach) sind durchweg stark belastet und ökologisch deutlich bis sehr stark verarmt. Zu erwähnen sind daher nur einige wenige Gräben und Quellbäche in und an den Wäldern. Sie leiden in den letzten Jahren stark unter Trockenheit und fallen zeitweise trocken. Die Wasserfauna und -flora ist nur noch stellenweise vorhanden. Eine einigermaßen konstante Wasserführung besitzen nur noch das Bächlein Im Loch nördlich und dasjenige in den Wassererlen östlich von Heidelsheim. Sie sind immer noch reich an Wassermollusken und interessanten Pflanzen.
Im Gebiet befinden sich zahlreiche Quellen. Entlang des Grabenbruchs der Rheinebene treten an Spalten und Klüften des gut wasserdurchlässigen Oberen Muschelkalks und Keupers viele, z.T. sogar "artesische" Quellen aus. Im Extremfall befinden sie sich auf der Höhe eines Hügels (so bis vor wenigen Jahren am Neuen Unteröwisheimer Weg nordöstlich von Bruchsal). Oft entstanden während wasserreicher Jahre auch spontan neue Quellen, z. B. Ende der 70er Jahre am "Weitenruß". Auch im Kraichgau liegen viele kleinere Quellen in Tälern und "nähren" kleine Feuchtwälder. Sie werden im Kapitel "Wälder des Kraichgaus" besprochen. Einige Quellen haben eine Schüttung, die groß genug ist, um eine offene Wasserfläche im Quelltopf zu erzeugen. Zu ihnen gehört der Röhrlesbrunnen östlich von Obergrombach. Sein Wasser versickert wenige Meter talwärts in einem Seggensumpf und dringt praktisch nie über den Waldrand hinaus. In den letzten Jahren ist er praktisch ausgetrocknet.
Die meisten Quellen des Gebiets sind in Brunnenstuben gefasst oder kanalisiert und ökologisch daher wertlos. Bemerkenswerte Quellen und Quellarme finden sich besonders an drei Stellen: zunächst am berühmten Schwallenbrunnen zwischen Bruchsal und Heidelsheim. Die sagenumwobene Karstquelle entwässert den Grundwasserspeicher der sogenannten "Bauschlotter Platte" zwischen Bruchsal und Pforzheim. Sie war seit dem Mittelalter bekannt und berühmt. Zu normalen Zeiten schütteten die Quelltöpfe bis zu 150 Sekundenliter Wasser, das in einem breiten Bach in den Saalbach mündete. Das Wasser des Schwallenbrunnens war stark gas- und mineralhaltig und daher für Fische wenig geeignet. Auch die Wasserflora war stets nur artenarm. Die Mollusken waren mit wenigen, adaptierten Arten vertreten, besonders mit Kleinmuscheln der Gattung Pisidium. Seit 1991 ist der Schwallenbrunnen vorläufig versiegt, bedingt durch Trockenheit und Abpumpen des Grundwassers zur Trinkwassergewinnung und zu gewerblichen Zwecken. Der Brunnenbach östlich von Untergrombach ist der derzeit einzige ökologisch intakte Quellarm. Ein Teil der Quelle ist gefasst; das austretende Wasser reicht aber noch leicht für den Brunnenbach aus. Der Bachlauf ist als flächenhaftes Naturdenkmal gesichert. Er ist reich an Wasserpflanzen, -moosen, Mollusken und anderen Wassertieren.