Land- und Stadtkreis Karlsruhe sind, gemessen an der sehr hohen Siedlungsdichte, noch erstaunlich reich an Biotoptypen. Die Feuchtauen des Rhein-Tiefgestades und die großen Wälder der Hardt mischen sich mosaikförmig zwischen die geschlossenen, kilometerbreiten Siedlungsbänder rund um Karlsruhe. Viele Kommunen breiteten sich in den letzten Jahren dramatisch aus, wobei in einigen Fällen (Ettlingen, Karlsruhe, Oberhausen-Rheinhausen, Karlsdorf-Neuthard, Waghäusel, aber auch Bruchsal-West) die vorhandene Fläche außerhalb des Walds fast vollständig der Siedlungsentwicklung oder dem Kiesabbau geopfert wurde und noch wird.
Dennoch findet sich im Landkreis mit beständigen Vorkommen von rund 1430 Pflanzenarten (davon rund 1290 noch aktuell) und über 600 gelegentlich eingeschleppten Arten eine der reichsten Floren Baden-Württembergs, begünstigt auch durch die Vielfalt an Biotopen mit einem breiten Spektrum an Trockenrasen und Sanddünen bis zu Auwäldern und Mooren.
Der Landkreis enthält einige der "Wärmeinseln" von Baden-Württemberg, insbesondere Kalktrockenrasen. Hier gehört der westliche Kraichgau zusammen mit Kaiserstuhl, Spitzberg, Taubertal und Hegau zu den artenreichsten Regionen Baden-Württembergs. Die Sandfluren des nördlichen Landkreises stehen zwar in ihrer Vielfalt geringfügig hinter den offenen Sandbiotopen des Rhein-Neckar-Kreises zurück, beherbergen aber trotzdem besonders schützenswerte Raritäten und mit dem NSG "Frankreich" bei Wiesental die größte noch erhaltene Sandrasenflur in Nordbaden. Auch die Rheinauen enthalten noch eine überaus reiche, aber stellenweise schon schwer geschädigte Flora.
Mit einer Breite von maximal 5 km erstreckt sich das "Tiefgestade" als langes Band entlang des Rheins. Hier liegt das eigentliche Rheintal, das der Rheinstrom während geschichtlicher Zeit durch Mäandrieren aus den pleistozänen Schottern der Rheinebene herauserodiert hat. Bis zur Rheinkorrektur durch Tulla im frühen 19. Jhdt. verlegte der Rhein sein Bett ständig. Alte Rheinarme verlandeten sukzessive, wobei die am weitesten vom Rhein entfernten Arme am langsamsten aufgefüllt wurden. Hier bildeten sich ausgedehnte Flachmoore, deren Moorkörper zwar nur wenige Meter dick war, die aber trotzdem über Jahrtausende ungestört existierten und Heimat einer reichen Moorflora waren. Auf ihrer Oberfläche bildeten sich saure Moorböden - ein Refugium für kalkmeidende Moorarten, die wir in Baden-Württemberg ansonsten nur im Schwarzwald und im Allgäu antreffen, und die in der Region mit fast durchweg kalkhaltigen Böden sonst nicht vorkommen.
Im Landkreis befinden oder befanden sich die bedeutendsten Moore am nördlichen Oberrhein: Waghäusler Bruch, Neudorfer Moor (Grabener Bucht), Gradnausbruch bei Hochstetten und die Neureuter Wiesen. Bereits im 18. Jhdt. wurde durch Trübwässerung mit lößhaltigem, kalkigen und nährstoffreichen Wasser die Bewirtschaftungsmöglichkeit der Moore verbessert ("Wässerwiesen", D. HASSLER et al. 1995) und an vielen Stellen Torf gestochen, bis schließlich nach dem 2. Weltkrieg Kiesbaggerungen im größten Stil, Aufforstungen und Trockenlegungen nur noch rudimentäre Flächen übrig ließen. Die eigentlichen Hochmoorarten sind komplett verschwunden. Bis heute haben praktisch nur Kalkflachmoorarten überlebt, aber darunter gehören die größten Pflanzenraritäten der Region: die Schneide Cladium mariscus ist wohl das berühmteste Beispiel (GÖRS 1975).
Die Pfeifengraswiesen und anderen Feuchtwiesen verloren seit dem 2. Weltkrieg über 80% ihrer einstigen Fläche (THOMAS 1993). Die wenigen Restbestände sind größtenteils in Pferdekoppeln umgewandelt, durch Eutrophierung verändert oder haben sich durch fehlende Pflege in Schilfbestände oder Grauweidengebüsche fortentwickelt. Auf der gegenüberliegenden Pfälzer Seite sind zwischen Speyer und Neustadt sowie bei Offenbach noch etwas größere und bessere Bestände erhalten. Die Pfälzer Pfeifengraswiesen sind kalkfrei und haben eine deutlich andere Flora, Beispiele sind die Leitarten Selinum venosum, Trifolium ochroleucon, Oenanthe peucedanifolia oder Gratiola officinalis. Ein Teil der ehemaligen Pfeifengraswiesen im Landkreis Karlsruhe, z. B. die Elisabethenwört, lagen vor der Rheinkorrektur auf Pfälzer Seite und zeigen daher floristische Beziehungen zur Pfalz.
Ein ungewöhnlicher Sekundärbiotop entwickelte sich auf der Krone einiger Rheindämme. Wo der Dammbau zunächst einen massiven Eingriff in die Natur darstellte, führten extensive Mahd und fehlende Düngungen im Laufe von Jahrzehnten zu einer überraschend reichen Flora. Viele Arten wanderten von weither ein. Dies darf aber nicht darüber hinwegtäuschen, daß die Rheinbegradigung auch nach über 150 Jahren zu einer ständigen, meist negativen Veränderung der Rheinaue führt. Ob es gelingt, durch die geplanten "ökologischen Hochwasserrückhaltemaßnahmen" diesen Trend umzukehren, darf mehr als bezweifelt werden. Erst seit wenigen Jahren werden die Rheindämme etwas besser im Sinne des Naturschutzes gepflegt.
Entlang des Rheinstroms selber finden wir zunächst die - meist gemauerte - Uferböschung des Rheinstroms selber, mit durchaus bemerkenswerter Flora (Persicaria amphibia ssp. brittingeri, Senecio erraticus, Allium angulosum etc.). Der angrenzende Auwald (Silberweiden-Weichaue) flußseitig des Hauptdamms ist einigermaßen intakt, wenngleich durch Auskiesung stark an Fläche reduziert und durch Aufforstung mit Hybridpappeln verändert. Durch die regelmäßige hohe Überstauung mit Wasser ist er heute recht eutrophiert und botanisch nicht so reichhaltig wie die Hartholz- und Weichholzauen auf der Landseite des Hauptdamms.
Dagegen bilden die sporadisch austrocknenden Altarme und Schluten einen hochinteressanten Sonderbiotop mit vielen spezialisierten Arten (Bidens, Limosella, Rumex maritimus, R. palustris u. v. a.).
Die früher artenreichen offenen Flusskiese und Flussschotter des mäandrierenden Rheinstroms sind dagegen heute weitgehend verschwunden, da sie sich zu selten neu bilden und zu stark eutrophiert sind. Einige Reliktarten überleben noch an Altarmen auf der Flussseite des Hauptdamms sowie auf der gemauerten Uferböschung.
In einem langen Band zwischen Rastatt und Mannheim erstrecken sich pleistozäne, kalkhaltige Flugsande, die von schmalen, etwas tieferliegenden Bachläufen durchschnitten werden. Obwohl das Grundwasser teilweise nur wenige Meter unter Flur ansteht, sind diese Regionen außerordentlich trocken und konnten von Menschen früherer Zeiten nur dort besiedelt werden, wo in der Nähe eine Bachaue für Wasser, Wiesen und in der Folge Kuhmist als Dünger für die Sandäcker sorgte. Der zentrale, trockene Bereich der Hardtplatten ist daher immer noch ein fast zusammenhängendes, kilometerbreites Waldband nördlich von Karlsruhe: Karlsruher Hardt, Kammerforst und Lußhardt. Ähnlich sind die Wälder zwischen Karlsruhe und Rastatt. Der früher eichenreiche, trockene Laubmischwald (genutzt vor allem als Mittelwald) mit zahlreichen Sandarten wurde ab dem 18. Jahrhundert großflächig in kieferndominierten Mischwald umgebaut. Heute geht der Trend zur ebenfalls ökologisch äußerst bedenklichen amerikanischen Roteiche.
Dazwischen liegen die Sanddünen, Sandrasen und Sandfluren, verbliebene Reste von ehemals ausgedehnten eiszeitlichen Dünenfeldern. Ihre Flora ist in Baden-Württemberg einzigartig. Selbst offene, seit der Eiszeit unbewaldet gebliebene Sanddünen gibt es noch, vor allem in der Schwetzinger Hardt (Sandhausen) und bei Brühl.
Die Sandflora der Hardtplatten ist hochgradig divers: Auf den strukturell intakten Sanddünen in der Schwetzinger Hardt wachsen noch kalkliebende Sandarten, oft dieselben wie in den Kalkmagerrasen des Kraichgaus. Dagegen sind die zwischenzeitlich ackerbaulich genutzten Sandbrachen, die im nördlichen Landkreis vorherrschen, oberflächlich entkalkt und strukturell gestört. Hier dominieren einjährige Pflanzenarten und solche, die kalkarme Bedingungen bevorzugen.
Zahlreiche Sandarten ziehen sich darüber hinaus an Sekundärstandorte zurück: Bahngelände, Kiesgruben, Industriebrachen und vor allem Hafengelände (in Karlsruhe und Mannheim).
Das im Vergleich zu den Hardtplatten etwas tieferliegende Landschaftsband am östlichen Rand der Rheinebene wurde früher als "Kinzig-Murg-Rinne" bezeichnet, da man annahm, daß es ursprünglich durch diese beiden Flüsse gebildet wurde. Heute weiß man, daß die Senke durch immer noch anhaltende tektonische Senkungsprozesse gebildet wird. Die dem Grabenrand am nächsten liegende Bruchscholle sinkt etwas schneller als die weiter zentral gelegene ab. Dadurch entstand eine Rinne, die durch Löß und Schotter, die die Bäche aus dem Kraichgau und Nordschwarzwald mitführten, immer wieder aufgefüllt wurde.
Zu römischer Zeit muß man sich diese Randsenke als breites, die meiste Zeit überschwemmtes Sumpfland mit vielen kleinen Wasserläufen vorstellen. Im Frühmittelalter wurde sie unter großen Anstrengungen der Bewohner trockengelegt, wobei das fehlende Gefälle zum Rhein hin etliche Kunstbauten und zusätzliche Gräben erzwang ("Wässerwiesen", D. HASSLER et al. 1995). Im 19. Jhdt. war hier die bewässerte Wiese die herausragende Bewirtschaftungsform.
Heute sind Feuchtwiesen nur noch rudimentär vorhanden und meist durch Schilfröhrichte ersetzt, vor allem bei Ubstadt und Stettfeld, während die Feuchtwälder sich noch besser gehalten haben. Der Flachmoorwald des berühmten "Weingartener Moors" entstand wohl erst recht spät aus einem Sumpfwald.
Zunehmende Siedlungsdichte vernichtete im 20. Jhdt. viele Biotope. Trotzdem ist die Randsenke heute noch auf weite Strecken ein zusammenhängendes Biotopsystem mit vielen überaus artenreichen Biotopen und Naturschutzgebieten. Im Bereich von Bad Schönborn und Kronau ist sie dagegen durch Straßenbau und Siedlungsausbreitung fast zerstört.
Auf dem Gebiet des Landkreises Karlsruhe liegt rund die Hälfte einer kleinen Fläche niedriger Hügel am westlichen Kraichgaurand, auf der noch Juragesteine zu finden sind. An den Hängen der niedrigen, von Bruchzonen durchzogenen Hügel treten zahlreiche Sickerquellen zutage. Westlich von Mingolsheim und Langenbrücken bis nach Östringen wurde die Jurasenke traditionell von breiten Wiesenflächen eingenommen, die teilweise noch bis in unsere Tage erhalten sind und zu den wertvollsten Wiesenflächen des Landkreises zählen. Die extensive Nutzung und die recht hohe Feuchtigkeit führte zur Ausbildung von mageren, eher kalkarmen, artenreichen Wiesen, die botanisch viele Beziehungen zu den Bergwiesen im Nordschwarzwald aufweisen (u. a. die Orchidee Anacamptis morio).
Die Wiesengürtel um Bad Schönborn sind in unseren Tagen vor allem durch die Flurbereinigung bedroht, in deren Gefolge zahlreiche Wiesenumbruchsmaßnahmen und Verfüllungen auftraten. Ob die Ausweisung als FFH-Gebiet diesem Negativtrend einen Riegel vorschieben kann, ist abzuwarten.
Ähnlich wertvoll sind die frischen bis feuchten Laubwälder in der Jurasenke, die extensiv genutzt wurden und vor allem für ihre prächtigen Eichenbestände und Eichen-Hainbuchenwälder berühmt sind.
Botanisch wird der westliche Kraichgau vor allem durch einen breiten Bogen aus Halbtrockenrasen auf Muschelkalk und Keuper geprägt, der im westlichen Enzkreis beginnt, sich nach Nordwesten über Durlach und Weingarten nach Bruchsal fortsetzt und dann wieder über Oberöwisheim und Zeutern zungenförmig in den Kraichgau hinein bis zur Hügelgruppe des "Eichelbergs" bei Tiefenbach schwenkt. Früher war dieser Gürtel breiter. Seine heutige Form wird unter anderem durch die katastrophalen Flurbereinigungen der 60er und 70er Jahre beeinflußt, die einst artenreiche Gemarkungen des westlichen Kraichgaus wie Heidelsheim, Helmsheim, Jöhlingen, Menzingen, Neibsheim, Büchig oder Bauerbach als öde Agrarwüsten zurückließen.
Die Muschelkalkzonen im westlichen Teil des Naturraums von Grötzingen bis Bruchsal zeichnen sich durch höhere Hügel und steilere Hänge zur Rheinebene hin aus, während das nordöstlich anschließende Keuperland ein wesentlich sanfteres Profil hat. An den steilen Muschelkalkhängen wurde der Löß fast vollständig erodiert und machte den darunterliegenden Gesteinen Platz.
Bereits im letzten Jahrhundert war der Michaelsberg bei Bruchsal-Untergrombach als das floristische Zentrum der Trockenrasen im Kraichgau bekannt. Viele Arten kommen hier inselartig vor, ihre nächsten Vorkommen liegen erst wieder am Kaiserstuhl oder im Tauberland (Galatella linosyris, Linum tenuifolium). Auch die Gemarkungen Zeutern (Rennweghohle, NSG "Rotes Kreuz"), Tiefenbach (Apfelberg), Weingarten (Mauerberg) oder Grötzingen (Knittelberg) sind heute noch artenreiche Komplexe aus Halbtrockenrasen, Streuobst und warmen Wäldern. Botanisch sind im Kraichgau neben den eigentlichen Halbtrockenrasen auch die Hohlwege mit einer ganz eigenen Lössflora bemerkenswert ("Hohlwege", R. WOLF & D. HASSLER, Hrsg., 1993).
Rund um die Halbtrockenrasen erstrecken sich auf den Muschelkalk- und Keuperhügeln ausgesprochen warme Laubwälder und Waldsäume, am westlichen Kraichgaurand und im Eichelberg-Massiv bei Tiefenbach sogar Eichenwälder mit Charakterarten der Steinsamen-Flaumeichenwälder (Blauroter Steinsame, Frühlings-Platterbse, Schwarze Platterbse). Artenreich können auch die kleinen Quellwälder in den Bachauen sein. Ein anderer Sonderbiotop hat sich dagegen in den tief eingeschnittenen, kühlfeuchten Klingen des westlichen Kraichgauer Hügellands herausgebildet, die einigen submontanen Arten des Nordschwarzwalds ein Refugium bieten (Luzula sylvatica, Myosotis sylvatica etc.).
Nicht ganz so warm wie der westliche Kraichgau ist der östliche Landkreis Karlsruhe um Bretten: ein sanftes Hügelland aus Keuperhügeln, bedeckt mit Lößschichten. Die hohen Erträge der Böden und leichte Bewirtschaftbarkeit führten zu intensiver Agrarnutzung, gefolgt von zahlreichen Flurbereinigungen, schließlich zu einer merklichen Biotoparmut. Dementsprechend verarmt ist auch die Flora außerhalb der Wälder; Biotope sind manchmal auf wenige Flecken reduziert.
Der Stromberg mit seinen Bunten Mergeln liegt bereits weitgehend im Enzkreis und im Landkreis Ludwigsburg; nur wenige Hänge auf den Gemarkungen Kürnbach, Oberderdingen und Sulzfeld reichen noch in den östlichen Landkreis Karlsruhe. Die offenen Schotterhänge außerhalb der Weinberge, z. B. im Enzkreis bei Diefenbach, beherbergen seltene Pflanzenarten (Lactuca saligna, Crupina vulgaris etc.) und zeigen bereits floristische Beziehungen in das Neckar- und Tauberland (Gäulandschaften).
Der Landkreis Karlsruhe reicht nicht in die eigentlichen Hochlagen des Nordschwarzwalds mit kühlfeuchten Bergwäldern und Mooren, die wenige Kilometer südlich von Herrenalb beginnen (Kaltenbronn, etc.). Daher fehlen viele typische Schwarzwald-Charakterarten im Landkreis oder reichen nur in wenigen Exemplaren bis ins Albtal oder Moosalbtal (Gemarkung Marxzell).
In den nördlichen Vorhügeln des Schwarzwalds und rund ums Albtal dominiert der Buntsandstein, die unterste Schicht der Deckgebirge, die das Grundgebirge des Schwarzwalds überdeckten. Darauf stockt zumeist Wald, wobei der Buchenwald der Vorbergzone und der niedrigen Lagen bei Ettlingen in den mittleren und höheren Lagen durch stark forstlich genutzten Nadelmischwald mit Fichte und Kiefer ersetzt wird. Innerhalb der Buchenwälder gibt es kühlfeuchte Klingen mit charakteristischen Schwarzwald-Arten (Chrysosplenium oppositifolium).
Durch Verwitterung des Sandsteins entstehen tonige, wasserundurchlässige Schichten. Hier halten sich in den Rodungsinseln auf den Albhöhen auch heute noch magere Feuchtwiesen, die bei extensiver Nutzung Refugien für viele bedrohte Arten sind. Besonders schön sind die "Mistwiesen" südlich von Ittersbach oder der im Enzkreis liegende Essigberg bei Diefenbach.
Die traditionell bewässerten Feuchtwiesen entlang von Moosalb und Alb sind vor allem im Moosalbtal noch artenreich geblieben und heute als großflächiges Naturschutzgebiet ausgewiesen